临床上，对于巧克力卵巢囊肿的治疗方法有很多种，主要有药物调理、口服汤剂、外敷治疗、手术治疗等。药物治疗主要是针对卵巢囊肿早期，此时囊肿较小，对患者并没有表现出其它明显伤害，药物可以对它产生抑制作用，破坏其生长环境进而慢慢对其进行消除。如果患者服用药物一段时间后，囊肿并没有变小，反而有持续增大的迹象，此时患者应该停止服药去医院做进一步的检查为好。
巧克力卵巢囊肿怎么治疗？此病的治疗原则是，对有生育要求的年轻妇女一般采用保守治疗。若症状较重，经保守治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
在治疗卵巢巧克力囊肿的同时，为了患者能够早日康复，情谨遵以下几项：
1、增强机体的免疫力，平时注意自身保暖，避免感冒受寒。
2、忌烟，酒，忌葱，蒜，椒，桂皮等刺激性食物，忌肥腻,油煎，霉变，腌制食物。
3、饮食宜清淡，应多食瘦肉、羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、鸡肉、蛋类、鱼类、水果类食品及大量的蔬菜等。
4、保持乐观开朗的心情和平和的心态，避免高度紧张及精神刺激。
5、月经期间杜绝性生活，避免一切剧烈体育运动及重体力劳动。科学的生活规律劳逸结合。