生殖器疱疹常见的危害主要有以下三个方面：
危害一：影响优生优育，男性患生殖器疱疹，将生殖器疱疹病毒传染给老婆，老婆怀孕患生殖器疱疹还影响优生优育，可能会引起子宫内感染和新生儿疱疹感染，导致流产、死产、新生儿死亡或发生严重后遗症。约半数以上的新生儿疱疹患者会死亡或遗留中枢神经系统的后遗症。
危害二：易患艾滋病，在艾滋病流行地区，生殖器疱疹还为艾滋病病毒进入人体提供通道和便利条件，从而增加了患艾滋病的危险性。
危害三：心理障碍，从心理上来说，生殖器疱疹的发生和复发会造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。