复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并而成。首任院长为儿科学一级教授陈翠贞。建院初期，以西门妇孺医院分院旧址为院址，1954年枫林路183号新医院启用。2000年4月原上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学附属儿科医院。医院设施优良，人才云集，是集医教研为一体的综合性儿童专科医院，系卫生部部属“三级甲等”医院。是全国儿科学重点学科、国家"211工程"建设单位。是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。曾连续六届被评为上海市文明单位。2010年获第三届全国医院（卫生文化建设先进单位）。
医院的服务宗旨：一切为了孩子。医院的使命：建树医学典范，呵护儿童健康。医院的定位：立足上海、服务全国、面向亚洲。医院的愿景目标：成为中国和亚洲重要的儿童医学中心，成为儿科医学教育向全国辐射的中心，成为中外儿科学术交流的主要桥梁。医院的院训：团结、奋进、严谨、创新。
在各级政府的大力支持和关心下，2008年2月29日，儿科医院坐落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通内科门诊服务功能，以满足周遍病人的需求。新医院占地153亩，Ⅰ期建筑面积8万多平方米，核定床位由原来的330张增至600张，现开放床位613张。截止2011年6月底，职工1181人，博士生导师19名，硕士生导师36名，高级职称专家105人。
终点站到万源路复旦大学附属儿科医院现有三条路公交车一是946。一是171，一是：162。可视情乘坐。 经过儿科医院附属附近公交车有：803(顾戴路合川路)，747(莲花路平阳路)两站步行到医院要五分钟路程。 上海南站到儿科医院可乘坐803、747两路公交车，打的一般在18-20之间。 上海北站到儿科医院比较远，可乘坐地铁一号线到莲花路站，出站台后可乘坐753(万源路儿科医院下)，也可打的(起步费)。 虹桥机场到儿科医院尽量选择打的，费用在35元左右，如果是下半夜费用会更多一点。