附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、规范化服务达标医院、首都平安示范医院。同时也是北京大学医学部博士、硕士学位研究生培养点，卫生部、北京市住院医师/专科医师培训基地。
2002年、2005年医院建设了新门诊楼和病房楼，就诊环境和医疗设施得到极大改善。医院编制床位400张，设有21个临床科室、26个专业、6个临床研究室。住院部设有7个病区和层流病房及百、千级手术室。
医院承担着北京市和外省市患儿的医疗救治工作，年门急诊量和出院患者逐年增加，2010年门急诊量达182万人次，日最高门急诊量为5869人次，年出院病人1.4万余人次，年手术7248例。
急诊、重症医学专业的设置符合现代急救一体化模式，包括NICU、PICU、急诊室、血气分析室、院前转运。目前机械通气治疗已发展到500余例/年，开展CPAP治疗新生儿肺透明膜病、巨细胞病毒抗原检测、新生儿外周静脉双通路同步换血术取得很好效果。先后承担国家级、省部级课题20余项。急救专业2010年被评为卫生部儿科重症重点学科。
总院行车路线（外地患者）：火车站路线：从北京站出发，乘坐120路在幸福三村站换乘416路环线，在侯庄路口北站下车，步行至总院；从北京西站出发，乘坐特2路在雅宝路站下车，步行至总院；（本地患者）：市内乘坐公交44路、750路、800路、810路在雅宝路站下车，步行至总院；月坛门诊部行车路线（外地患者）：火车站路线：从北京站出发，乘坐地铁2号线在从阜成门下车，换乘42路、456路在月坛体育场下车，步行至月坛门诊部；从北京西站出发，乘坐50路、387路、694路在北京儿童医院站下车，步行至月坛门诊部；（本地患者）：乘坐44路、691路、800路在北京儿童医院站下车，步行至月坛门诊部