甲状腺囊肿的常用治疗方法有手术治疗，中药治疗和西药治疗，多数甲状腺囊肿患者采用手术切除手术将囊肿切除。
甲状腺囊肿手术治疗方法：
病人取仰卧位，行触诊，确定囊肿部位，在囊肿的下极作标记。用一次性2ml注射器吸取1ml止血敏或1kU立止血(视患者的经济情况选用)。根据囊肿的大小选用一次性5～10ml注射器连接7号针头，抽取1%利多卡因2～5ml。局部用2%碘酒和75%酒精进行消毒，用左手固定甲状腺囊肿，右手持第二支注射器在囊肿标记处刺进皮肤做点状局麻后。
术者右手拇指和食指握住注射器针筒，右手其余各指握住活塞向后拨拉，在保持注射器负压的状态下徐徐刺向甲状腺囊肿下方，待针头有一落空感后，再向前推进0.5cm左右，左手固定并适当挤压囊肿，右手持注射器抽吸。可以反复抽吸，直到吸不出液体为止。吸净液体后取下注射器，接上吸有止血剂的一次性2ml注射器注入0.5～1ml药液，拔出针头，覆盖纱块并用胶布固定。
另外，西医对复发的危险和痛苦也是有认识的，这是两难的问题，不手术吧，有继发甲亢和恶变的可能。手术治疗的话，复发的可能性极大。所以西方的医生一般建议，手术后再服用6个月小剂量甲状腺素，但此为下下之策。所以，许多甲状腺囊肿患者只能割了长，长了再割，有的甚至动了三、四次手术还是不见好。这是非常严重的。
甲状腺囊肿中药治疗方法
（1）痰凝型：患处不红不热，按之坚实或有囊性感，舌苔薄腻，脉滑，用化痰软坚中医治疗甲状腺囊肿。
（2）气滞型：表现发病与精神因素有关，病位在肝经。除颈部肿物外伴有胸胁胀痛，舌苔薄白，脉弦滑，用理气解郁法。
（3）血瘀型：颈部肿物出现较突然，多伴有不适或疼痛，肿物质地硬，舌质紫黯，瘀点瘀斑，脉濡涩，用活血祛瘀法。
甲状腺囊肿的食疗方法
猪胰淡菜汤
取猪胰1个，淡菜60克。先将猪胰洗净切成条块;淡菜洗净后用清水浸泡约20分钟，放入锅中，加水煨汤等煮开后10分钟再加入猪胰;煨煮后稍加味精，不拘时食用。具有益肺补脾，润燥止渴的功效，适用于糖尿病，甲状腺肿大，毛发枯少，产后虚弱消瘦等症。
海带肉丝汤
用水发海带250克，猪瘦肉50克，胡萝卜150克，精盐、味精、酱油、花椒水、葱丝、蒜片、猪肉汤适量。先将猪肉洗净切成细丝，胡萝卜洗净切成细丝。锅烧热，放入肉丝煸炒至白色时加入酱油、花椒水、葱、姜、蒜继续煸炒至肉丝熟透，加入肉汤、精盐、海带丝、胡萝卜丝烧煮，撇去浮沫，加入味精，佐餐食用。