一般如果生殖器疱疹患者能够在疾病早期进行治疗，并不是太困难的事情。但是也有的患者在治疗过程中发现疾病一直不好或者经常会出现反复，这也是生殖器疱疹的治疗中经常遇到的现象，那么为什么会出现这种现象呢?
1、诊治不科学。如果治疗生殖器疱疹的方法不对，或者没有进行准确的诊断，可能会出现这种现象。有些患者治疗过程中存在轻视急躁心理，没有按疗程用药或自己乱用药乱买药，导致耐药性的发生及身体毒副作用。只是自身进行治疗，而没有对女性伴侣也进行同步治疗。这种情况下，当再次性生活时就会导致男性再次感染生殖器疱疹。
2、患者的体质因素、再次感染。也有的患者的身体机能很弱，治疗比较难以彻底。经综合治疗，疱疹消退后，损伤处修复如初。但少数残余的病毒发生变异，人隐藏于神经细胞内，当患者免疫力下降，潜伏的病毒重新复活，开始繁殖，然后大量复制出新病毒，又沿神经轴返回皮肤黏膜，引起新的疱疹，病灶逐渐扩大，从而出现疱疹复发。如对平时的个人卫生情况不注意，没有对患者沾有病菌的衣裤、日用品及时消毒处理，及性伴没有及时检查治疗，而再次传染上导致反复发作。