灰指甲是由于致病性真菌侵犯指（趾）甲而引起的一类甲病。灰指甲可以根据感染真菌的类型进行真菌学分类，可以把甲真菌病分为皮肤癣菌性甲真菌病，酵母菌性甲真菌病和霉菌性甲真菌病三大类。为了便于区别，明确地指导临床用药，又把后两者称为非皮肤癣菌性甲真菌病。
皮肤癣菌性甲真菌病是由皮肤癣菌感染引起，主要的致病皮肤癣菌为红色毛癣菌、须癣毛癣菌及絮状表皮癣菌。这一类病原菌常先引起手、足癣，因用指甲搔抓或接触而引起灰指甲，少数情况下只单独侵犯甲。
酵母菌性甲真菌病可由念珠菌属感染引起，也可由非念珠菌性酵母菌属感染引起。甲感染念珠菌会出现甲板混浊，增厚，甲沟处感染后出现色素沉着，或出现甲板萎缩。常见致病菌有白念珠菌、近平滑念珠菌、涎沫念珠菌、季也蒙念珠菌和热带念珠菌等。
霉菌性甲真菌病发病率相对较低，最常见致病菌为短帚霉、曲霉、镰刀菌和枝顶孢等。霉菌性感染甲后表现为甲变色、混浊、增厚、表面凹凸不平。
临床还可以看到在一个甲板的不同层面上有两种不同的菌种感染，称为混合感染型甲真菌病。灰指甲混合感染菌种复杂，更不易治疗。