患有灰指甲后，每个患者都是要及早的治疗好灰指甲这类的癣病。因此，选对方法是治疗灰指甲的关键。
1、 手术拔甲治疗灰指甲。在局部麻醉下，将灰指甲患者的患甲拔除。这种治疗灰指甲的方法创面大，出血，易引起感染，损害甲床。灰指甲患者需经常换药，手术后一般会感觉较疼痛，给日常生活造成极大的不便。
2、 口服药治疗灰指甲。单纯服用抗真菌药物有一定疗效，且方便简单。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代谢又很快，所以用药量大，用药时间长，易引起正常的菌群失调。口服药有副作用会严重损害肝肾脏，且停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规治疗药物。
3、 外用药治疗灰指甲。由于灰指甲是真菌在甲床引起的感染，一般外涂药很难渗入甲床彻底杀死病菌，且治疗时间长，常因为灰指甲患者无法长期检查也中途放弃，久而久之灰指甲反而会产生抗药性为后期治疗灰指甲带来不便，且易复发。