一旦患上灰指甲的是非常一件头疼的事，其治疗过程比较长。选择正确的灰指甲的治疗方法是很重要的，这也是人们比较关注的问题。
对灰指甲的治疗越早疗效越好，若不及时治疗发展到多个指(趾)甲被染，治疗就比较麻烦，时间也要更长。当灰指甲发生在侧面、甲端，面积小且只有一两个指甲发生时，搽点外用的药膏如灰甲净就可以治疗。
当灰指甲已经发展到多甲累积的甲癣，尤其是甲改变已经累积到近端1/3，到达甲母质的程度，或者真菌已经深入到甲板，药物确实难以渗透时，单纯靠外用药灰甲净如果不行，必须用口服药。但口服药物一定要在专业医生的指导下服用，因为有些药物都会有不同程度的副作用(有肝脏疾病或肝管异常者不能服用)，患者服用后如果感到恶心、消化不良等不适要停止服用并及时到医院就诊。
治疗灰指甲的首要前提就是正确的诊断。只有正确的认识病根才能治好该病，手指甲或脚趾甲出现异常并不一定就是灰指甲。许多皮肤病及全身性疾病也会引起甲改变，如银屑病、湿疹、连续性肢端皮炎、雷诺氏症等引起的甲病在症状上与灰指甲有一定的相似之处。患者自己往往难以分辨，最重要的诊断参考指标之一是真菌镜检或培养呈阳性。因此，患病后应该立即到正规医院皮肤科就诊，可以做一个真菌检验或培养，确诊为灰指甲后，再制订治疗方案。