生殖器疱疹的药物治疗以核苷类药物效果最好，如阿昔洛韦，对于原发型患者多以10天为1疗程，对于复发型患者以5天为1疗程，对于频繁复发的患者多�口服药物半年到一年，这对于患者来说，副作用较大，很难长期坚持。
生殖器疱疹的免疫治疗方法
免疫疗法是一种新型的治疗生殖器疱疹的方法，该法是主动的将疫苗注入患者体内，使其产生主动清除病毒能力，达到临床治好的治疗方法。
自体活菌疫苗是采用手术切取患者自身感染HSV病毒感染细胞，将HSV病毒及其代谢产物，经过人工减毒、灭活，或者利用基因工程等方法制成的用于治疗生殖器疱疹的自动免疫抗毒制剂。疫苗保留了病原菌刺激免疫系统抗病毒的特性，让自身免疫系统便会产生一定的保护物质，当再次接触到这种病原菌时，人体的免疫系统便会依循其原有的记忆，制造更多的保护物质来阻止病原菌的伤害。
免疫疗法充分利用机体自身的免疫功能和病毒特性，在杀灭病毒的同时，激活体内免疫细胞，对机体正常组织无损伤；对原发感染和复发感染区分准确，从源头上阻断潜伏病毒复发的可能性，并且对防止由HSV病毒引起的人体其他癌变也有一定的防治作用。