生殖器疱疹对患者及周围人群的危害较大，不仅造成患者身体上、精神上的痛苦，而且还会给社会带来一定的危害。相关研究表明，生殖器疱疹可出现多种并发症，如：与女性宫颈癌的发病相关;可造成男性前列腺炎;同时单纯疱疹病毒感染也可能是造成男性不育的原因之一。
生殖器疱疹可以根治吗？目前，生殖器疱疹尚无十分有效的治疗方法，常用的治疗方法不能彻底消除病毒，亦不能防止病毒的复发。如应用阿昔洛韦为代表的核苷类药物或某些中药时，需要长期服用药物。同时，阿昔洛韦等药物一般只能缩短病程，减少排毒，促进皮损愈合，而不能防止潜伏感染或改变复发频率和特点；长期服用可产生耐药性，对肝肾功能也会造成一定的损害。
传统局部中西药外用制剂如阿昔洛韦软膏、龙胆紫液等药物，较难穿通皮肤真皮层，因此治疗效果也不尽如人意。