生殖器疱疹的潜伏期为１周至２个月。
HSVI感染与HSVII感染：原发性生殖器疱疹感染者为HSV－１型，经过一定的静止时期，继而复发病变为HSVII型，形成周期性复发。每次发作的病程也较短，不用药通常７天左右也可消退，继而再犯，发热、月经、精神创伤、酗酒、食物及药物都有可能导致加快复发的时间。HSVI主要引起口唇疱疹，咽炎，角膜结膜炎和散发性脑炎，而HSVII感染主要引起生殖器疱疹，但在临床上也有相反情况。
１．原发性生殖器疱疹潜伏期：2～7天，原发损害是１个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3~5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体或尿道口，女性多在阴唇、肛周或阴道发疹，约90%同时侵犯子宫颈，也可累及直肠粘膜。常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴结肿大和压痛。症状持续1~1周，一般3~4周皮损结痂、愈合。
２．复发性生殖器疱疹潜伏期：多在原发感染后1~4个月内复发。复发性生殖器疱疹的临床表现与原发性的相似，但症状轻，皮疹范围小，病程也短，一般在数日内可自愈。复发前１～２天，局部常有刺痒或烧灼感等前驱症状。临床上所见到的复发性生殖器疱疹患者绝大部分为男性，女性患者由于症状不明显常不来就诊。复发与发热、月经、日晒、寒冷、某些病毒感染有关。