生殖器疱疹的潜伏期一般为4至7天，在生殖器疱疹的潜伏期患者会有发热、头痛、全身不适，骶部神经异常的感觉。病毒经皮肤、黏膜破损处进入人体内， 在伤口附近生长繁殖，然后经过血液循环或神经通路传播和扩散。当机体抵抗力下降时，处在生殖器疱疹的潜伏期的病毒就会伺机作乱。
男性在生殖器疱疹的潜伏期之后，生殖器疱疹症状多发生在阴茎龟头、冠状沟、阴囊、包皮等处，偶尔也波及尿道，引起尿道炎等。而女性在生殖器疱疹 的潜伏期之后，生殖器疱疹症状主要发生于大小阴唇、阴蒂或宫颈处，呈现集簇性分布，疱疹极易破溃糜烂，可灼热疼痛，也可能出现继发感染，腹股沟淋巴结肿 大，有压痛，但多不化脓。