肺脓肿穿刺引流的副作用有以下几点：

1、出血。肺脓肿穿刺引流术是一个有创的操作，手术过程有可能损伤到血管，引起胸腔内出血或者咯血。

2、气胸及纵膈气肿。肺脓肿穿刺穿破肺泡，肺脓肿脓腔与支气管相通，肺内的气体进去胸膜腔引起气肿。手术损害支气管鞘膜，气体进去支气管鞘膜，可引起纵膈气肿。

3、胸膜腔的感染。肺脓肿穿刺引流后，部分脓液沿着引流管外侧进去胸膜腔，引起胸膜腔的感染。

4、支气管胸膜瘘。穿刺引流后脏层胸膜的穿刺口不愈合形成支气管胸膜瘘。

抗生素在治疗肺脓肿的过程中一般不会产生副作用。但如果使用四环素类的抗生素，会有一定的后遗症产生。目前治疗肺脓肿主要还是通过头孢类抗生素来进行消炎治疗，所以在整个抗生素治疗过程中，由于这类药物的肾毒性和肝毒性较低，所以一般不会有副作用产生。

在过去使用四环素类抗生素来缓解肺脓肿，则有可能产生副作用，特别是在骨骼发育中会造成骨沉积。在缓解肺脓肿的过程中，利用大环内酯类抗菌药物，也有可能增加体内正常寄居菌混乱的可能。

所以虽然一般治疗肺脓肿中是不会有任何副作用的，但一旦使用特定的抗生素，则有可能造成后遗症。