目前认为早泄的病因不只是心理性和阴茎局部性因素，还应该考虑泌尿、内分泌及神经等系统疾病因素。引起早泄的心理性因素有很多，比如许多人因种种原因害怕性交失败，情绪焦虑而陷入早泄。年轻时惯用手淫自慰者，总以快速达到高潮为目的。还有性知识缺乏，仅以满足男性为宗旨，夫妻不善于默契配合，感情不容，对配偶厌恶，有意或无意的施虐意识，担心性行为有损健康、加剧身体的某些固有疾病。还有性交频度过少或长时间性压抑者，以及女方厌恶性交、忧心忡忡，迫于要求快速结束房事等。凡此种种皆可导致早泄，甚至出现连锁反应，引起勃起功能障碍。引起早泄的器质性因素正在探讨中，有人认为脊髓系统疾病，比如多发性硬化症或脊髓肿瘤、癫痫发作或大脑皮层器质性病变，如脑血管意外可引起射精失控。也有报告提示糖尿病、心血管疾病、骨盆骨折、泌尿生殖系统疾病，如尿道炎、前列腺炎、精囊炎以及前列腺增生等，都与早泄有关。
引起男性早泄的原因较多：首先，常见的有男性前列腺炎、膀胱炎、尿道炎等疾病。疾病发作时，性患者会出现不适，导致在进行性生活时出现提前射精，也就是早泄的症状，如果发现应该及早治疗。其次，可能是由于男性生殖器的先天发育不完善引起，比如包皮过长、阴茎过短等，会引起早泄的症状，如果已经严重影响到男性的性生活，可以通过手术如包皮环切术进行治好，治疗效果比较理想。但阴茎过短没有太好的治疗办法，手术不一定能够改善早泄的症状。最后，可能是男性的生活压力较大，长期处于精神紧张的状态中，会引起早泄的发生，建议男性患者应注意缓解紧张的精神压力，适当的增加运动，提高身体的免疫力从而改善早泄的症状。