男性在射精过程中感觉疼痛，可能的原因：

1、精囊炎或者精阜炎，炎症可以侵及精囊或者精阜，而造成局部红肿或者破溃等，在射精过程中，精囊、精阜局部强烈收缩故而产生明显的疼痛感，一般都伴有精液发黄或者混杂有血液等，需要进行相关的影像学检查，必要时给予抗感染治疗来减轻症状。

2、存在有泌尿道的感染，射精过程中可出现尿道内的疼痛，平时患者可能会伴有尿频、尿急、排尿疼痛等症状，需要进行尿常规化验检查来进一步确诊。

3、存在有精囊或者精阜的占位性疾病，如脓肿或者肿瘤等都可以造成射精时疼痛，同时可伴有血精或者伴有会阴区胀痛不适等。需要进行精囊、精阜的CT检查，进一步排除有无脓肿或者肿瘤性的疾病。