肺脓肿的致病菌一般为厌氧菌，有时也合并着革兰氏阳性球菌或者是革兰氏阴性杆菌，所以选择的抗生素要覆盖厌氧菌，例如青霉素，甲硝唑，奥硝唑，克林霉素，林可霉素。

同时，我们要完善痰培养的检查，可根据药敏结果试验更换抗生素。除使用抗生素治疗外，我们还需要注意痰液引流，包括体位引流和使用祛痰药物，常用的祛痰药物，包括了氨溴索，桉柠蒎和乙酰半胱氨酸。

在上述治疗无效的情况下，我们可以考虑介入的治疗。介入治疗可局部给药，进一步促进痰液引流和进一步查明肺脓肿的病因。

经过上述治疗仍无效的情况下，我们可根据肺脓肿的类型采取手术的治疗方法。

第一、吸入性肺脓肿多为厌氧菌感染，一般均对青霉素敏感，仅脆弱拟杆菌对青霉素不敏感，但是对克林霉素和甲硝唑敏感。

第二、血源性的肺脓肿多为葡萄球菌和链球菌感染，可选用耐β类酰胺酶的青霉素或头孢菌素，如为耐甲氧西林的葡萄球菌，可给与万古霉素或替考拉宁进行抗感染治疗。

第三、如为阿米巴原虫感染，则选用甲硝唑。

第四、如为革兰氏阴性杆菌，可给予二代或三代头孢菌素，服喹诺酮类并联合氨基糖苷类的抗生素进行治疗。

需要注意的是肺脓肿患者抗菌药物疗程比较长，抗感染治疗之后应复查胸片。