对于病情稳定的慢性呼吸系统疾病或者是轻度到中度的睡眠呼吸暂停综合征的患者使用催眠药物的时候必须考虑个体化，失代偿的慢性阻塞性肺病，高碳酸血症和失代偿的限制性的肺病的患者禁用苯二氮卓类药物的。

但是使用唑吡坦或者是佐匹克隆治疗，病情稳定的轻度到中度的慢性阻塞性肺疾病的失眠患者，还没有发现有呼吸功能不良的一些反应，唑吡坦和佐匹克隆治疗睡眠呼吸暂停综合征失眠患者不会引起明显的损害，但是扎来普隆这个药物在治疗伴有呼吸系统疾病的失眠的患者的时候，它的疗效并不是十分的肯定，需要进一步的一些临床研究。

对于一些比较轻微的疾病，或大部分呼吸道感染的疾病，使用中药治疗，可能比西药存在一定的优势。但是，其对于不同的疾病在使用不同药物的时候，没有必要过多的对比中药和西药的好坏，针对疾病以及症状选择适合的才是好的。

呼吸系统出现问题而导致的咳嗽、支气管炎、哮喘以及精神障碍等，都会影响到人的睡眠，因此首先要对原发疾病进行治疗，只有治疗好原发疾病，失眠的情况才会改善。需要预防和纠正呼吸功能不全，提高血氧浓度，增加脑氧含量，对预防失眠具有重要意义，镇静剂通常用于控制神经精神症状和稳定病情，在临床上有一定的效果。褪黑激素也是被用来治疗失眠的，但其对睡眠呼吸紊乱和失眠的影响还需要进一步的研究。