胸外科和呼吸内科主要的区别在于治疗方式的差异，胸外科是通过各种外科手术方式对肺部各种疾病进行整治，而呼吸内科主要是通过内径或者药物保守治疗，针对肺部各种疾病进行诊治。如发生肺癌时，如果在胸外科住院，往往针对的是一些需要进行手术切除的患者。而当肺癌发生了局部转移或者其他脏器转移时，这时往往就失去了外科手术指征，需要在呼吸内一科给予放疗、化疗、中药辅助抗肿瘤等对症治疗。如常见的肺结核，如果是非传染性的肺结核发生了局部的结合球，或者是双侧胸膜增厚，需要行胸膜剥脱术，这时可以在胸外科住院。但是如果是粗质的肺结核，需要积极制定抗结核治疗方案，那么需要在呼吸内科进行住院治疗。

呼吸科和胸外科都是治疗胸部疾病为主的科室。但是二者的区别在于呼吸科主要是看内科疾病，如上呼吸道感染、肺炎、支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、胸腔积液性质待查、自发性气胸、肺结核、不可手术切除的肺部肿瘤等内科疾病。而胸外科主要是以手术为主的科室，主要是肺癌、食管癌、胸腺瘤等需要外科手术治疗的疾病，此外，也有收治气胸类疾病。