肺脓肿的治疗，重要的是有效的抗生素的治疗，和脓液的引流。但治疗时间较长，一般需要经过4-8周的时间行抗感染治疗。早期治疗可以予以经验性的抗菌药物，然后根据微生物学的培养，得到药物敏感试验，从而选择更加合适的敏感抗生素。

纤维支气管镜下的肺泡灌洗，能够更好地加强脓液的引流，提高排脓的效果。但是内科治疗效果不佳，如果肺脓肿的病程超过3个月，经过积极的内科药物治疗后，脓腔未见明显缩小，或者脓腔超过6cm以上者，并出现大咯血危及生命，可以考虑行手术治疗。

如果这个病灶是孤立的，局限的，是可以通过微创切除，但是如果病程迁延，或者形成了脓胸或者胸膜粘连的时候，就不能通过微创，只能做开胸手术。

肺脓肿的时候治疗包括内科治疗和外科治疗，内科治疗主要是抗感染的治疗，就根据病程还有脓肿的大小，以及相应的病原学病原体，选择不同的抗生素，通过抗感染治疗，大部分病人是能够得到控制或者是痊愈。

有一部分病人或者一些特殊的病原体感染，空洞比较大的时候，可能需要手术治疗。

肺脓肿手术需要根据肺脓肿大小、范围、病变程度判断手术需要进行多久。对于小的肺脓肿，周围没有形成粘连，胸腔镜进去进行局部切除则手术较快，通常在半个小时到一小时内可以解决问题。

大型肺脓肿或伴有胸腔积液，进行胸腔镜手术，需要清除周围积液，同时进行肺叶切除，时间会较长，可能需要1-2个小时。慢性肺脓肿周围形成了致密粘连，此类患者有时胸腔镜无法进行手术，必须开放手术，将病灶游离出来再进行切除，手术时间就非常长，甚至可能需要4-5个小时。因此，肺脓肿手术时间长短需要根据肺脓肿病变范围、病情严重程度进行判断，并不是所有类型肺脓肿的手术时间都相同。