肺脓肿手术需要根据肺脓肿大小、范围、病变程度判断手术需要进行多久。对于小的肺脓肿，周围没有形成粘连，胸腔镜进去进行局部切除则手术较快，通常在半个小时到一小时内可以解决问题。

大型肺脓肿或伴有胸腔积液，进行胸腔镜手术，需要清除周围积液，同时进行肺叶切除，时间会较长，可能需要1-2个小时。慢性肺脓肿周围形成了致密粘连，此类患者有时胸腔镜无法进行手术，必须开放手术，将病灶游离出来再进行切除，手术时间就非常长，甚至可能需要4-5个小时。因此，肺脓肿手术时间长短需要根据肺脓肿病变范围、病情严重程度进行判断，并不是所有类型肺脓肿的手术时间都相同。

肺脓肿偏大同时抗感染效果差，有各种并发症，尤其是当脓腔大于六个厘米时，是需要手术切除的。因为这类肺脓肿往往乎引流和抗感染的效果都是相对较弱的，由于目前抗生素的使用，对于大多数的肺脓肿往往可以通过内科的药物治疗得到好转。而对于一些慢性的肺脓肿，经内科治疗三个月以上，脓腔仍然不缩小或者并发了支气管胸膜瘘、脓胸的。经抽吸冲洗脓液效果仍然欠佳，或者患者的肺脓肿是由于支气管阻塞疑为支气管肺癌引流不畅的，这类都需要尽早的手术治疗。对于肺脓肿脓腔大于六厘米的，由于其脓腔往往引流欠佳，同时抗感染治疗效果差，容易并发以上的各种并发症。必要时可以建议手术切除，同时这种肾囊肿往往愈后相对较差。