卵巢囊肿产生的原因主要跟长期的饮食结构有关，生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿，甚至癌变。
卵巢囊肿产生的原因。是不确定的，我们根据其发病因素以及高发人群总结可能与以下因素有关：
第一是环境因素，由于在工业发达国家及上层社会妇女卵巢癌发病率高，可能与饮食中高胆固醇有关。另外，电离辐射及石棉、滑石粉会影响卵母细胞而增加诱发卵巢肿瘤的机会，吸烟及维生素Ａ、Ｃ、Ｅ的缺乏也可能与发病有关；
第二是遗传和家族因素：约２０－２５％卵巢肿瘤患者的直系亲属中有肿瘤患者；
第三是内分泌因素：卵巢肿瘤多发生在未产妇或未生育妇，妊娠对卵巢肿瘤似有对抗作用，认为每日排卵所致卵巢表层上皮细胞反复破损与卵巢肿瘤发生有关。
另外，乳腺癌、子宫内膜癌多并发卵巢肿瘤，此三种疾病都对此激素有依赖性。
其次，身体组织液酸化，身体细胞处于酸性体液中，进而形成身体正常细胞溶氧量下降，造成细胞的活性下降，代谢循环减慢，下降到正常值的65%时，正常细胞就无法生存，但也有不惜改变染色体采取主动变异的细胞，细胞的表型发生改变，肿瘤性状得以表达，这些细胞迅速扩增，从而形成真正的肿瘤实体。 另外，还有因体质酸化身体发生其他组织的癌变，又因身体机能下降，身体组织液酸化，造成了卵巢囊肿。