近年来化疗对提高卵巢恶性囊肿的治疗起到一定的作用，但目前仍处于辅助治疗的阶段，往往须要较长时期的间断用药，且对人体的毒性反应较大，一般不得已而为之。
在卵巢囊肿的治疗过程中，有些严重的情况会出现诸如卵巢囊肿破裂、卵巢囊肿蒂扭转、卵巢囊肿合并感染等并发症。了解卵巢囊肿手术治疗的并发症很关键。
1、卵巢囊肿破裂
应及早剖腹探查，因囊肿的内容物溢入腹腔，不论其为良，恶性，均有接种植的可能故应充分部洗腹腔及切口。
2、卵巢囊肿合并感染
若径一段时期应用抗感染，药物，体湿仍不下降或局部症状更加严重者，即宜剖腹切除肿瘤，以清除感染灶，往往症状能迅速消退。
3、卵巢囊肿蒂扭转
确诊后需紧急手术，先肌肉注射镇痛剂，如度冷丁，不论患者年龄大小，以行患侧附件切除术为宜。
4、卵巢囊肿与腹膜予泛粘连
多见于巨大卵巢囊肿误诊为巨量腹水，曾经反复多次腹腔穿刺放液或卵巢囊肿感染者。