甲状腺囊肿主要是指甲状腺处长有圆形光滑的囊状物，如果该囊状物较大的话可造成压迫症状，如疼痛、吞咽困难、呼吸困难等，对患者正常的生活和工作有很大的影响。甲状腺囊肿的常见治疗方法有中医辨证施治、手术切除等，需在医生的指导下选择。
1、中医辨证施治
较小的良性甲状囊肿宜采用中饕保守治疗。如果采用手术治疗，手术后的大量复发和转移病例，足以说明仅局部治疗难以使肿瘤得到根除。而中医辩证论治，可从整体出发，对患者的全身状况进行系统的调理，扶正祛邪，达到标本兼治的效果。
2、手术切除
手术只是一种局部的甲状囊肿治疗方法，肿瘤是全身疾病的局部表现，对于囊肿比较大的或有恶变趋势的应及时采用手术治疗，并作病理切片检查，以确诊囊肿的良、恶性。手术治疗后再采用中饕巩固治疗，可以防止复发。这也是甲状腺囊肿的常见治疗方法。
在手术治疗的两天内，可能出现呼吸困难和窒息。主要原因有切口内出血形成血肿压迫气管或创伤或气管插管引起喉头水肿。另外，痰液阻塞气道、气管塌陷、双侧喉返神经损伤，以及严重的甲状旁腺损伤，都可引起呼吸困难的症状。