许多灰指甲患者在治疗一段时间后又出现了复发，大部分复发的指甲或趾甲是原受感染的指甲，而少部分患者连没有感染的指甲或趾甲也出现感染。这说明灰指甲还没有完全治疗，或出现了促进再感染的因素。
灰指甲治疗需要一个过程，治疗后还需要一定的巩固期。如果没有及时巩固治疗，可能造成真菌被抑制而没有完全被杀死，因此很难保证不会出现死灰复燃。
灰指甲常不是一个单独存在的疾病，灰指甲的病人往往同时伴有手足癣。手足癣和灰指甲的病原菌是相同的，包括皮肤癣菌（毛癣菌属、表皮癣菌属、小孢子菌属）、念珠菌（假丝酵母菌）及非皮肤癣菌类真菌。只针对灰指甲治疗，而没有对整个手、足部进行抗真菌治疗，会导致手、足携带真菌反复感染指甲和趾甲。
有些患者经过标准的疗程，足部灰指甲完全治疗了，也经过了巩固治疗，保证杀菌的完全性，并且也治疗了脚癣，最后还是复发了。人们在对足部杀菌时，往往忽略了清洁自己的鞋袜，导致真菌寄生在鞋袜中，再次感染趾甲。