由于尖锐湿疣的复发性很强，因此在尖锐湿疣的治疗期间病情反复的情况并不少见。我们不由疑惑：尖锐湿疣复发的主要原因究竟是什么呢?接下来的段落里将告诉你尖锐湿疣复发的主要原因到底是什么。
1、存在HPV亚临床感染和潜伏感染：所谓亚临床感染是指已经感染HPV病毒、但还没有长出疣体，需要借助放大镜、阴道镜、尿道镜或3%--5% 的冰醋酸外涂后才能观察到病变区域。由于亚临床感染缺乏肉眼可见的形态学改变，因此很容易漏诊。尖锐湿疣亚临床感染是从HPV感染到发展成CA的一个中间过程。目前认为HPV亚临床及潜伏感染都具有传染性，可通过自身传染成为尖锐湿疣复发的主要原因，需要积极治疗，但是传统的治疗方法只能去除肉眼可见的疣体，未能对亚临床及潜伏感染的部位进行治疗。
2、患者的细胞免疫功能异常：尖锐湿疣患者的自然杀伤细胞活性降低，特别是病程长于6个月的CA患者NK活性显着低于病程小于3个月的CA患者，表明CA患者NK活性的降低与CA的病程有密切关系。CA患者机体产生干扰素和白介素2的能力降低，提示患者的细胞免疫功能降低。
3、治疗不规范：包括外用药物和物理治疗两方面。外用去除尖锐湿疣的药物用量过少未能去除疣体基底部;外用药物过量损伤了正常的皮肤粘膜，形成水肿、糜烂或溃疡，使病毒扩散。
4、性伴侣没有治疗，成为重要的传染源和引起复发的重要原因。
5、其他原因：包括HPV遗传易感性、内裤的自身传染、包皮过长、合并感染其他性传播疾病、同时患有其他导致免疫力降低的疾病(如糖尿病、自身免疫性疾病)以及重复感染HPV病毒等。