尖锐湿疣HPV潜伏感染持续时间的长短尚不完全清楚，尽管有学者作了一些观察（见前述），但还有大量工作需要深入进行。
多数学者认为HPV潜伏感染可在几个月或几年内消退。但也有学者推测HPV潜伏感染状态可能伴随终身，并且间断性有传染性。另一些研究表明HPV潜伏感染的持续时间长短与被感染机体细胞免疫功能以及所感染的HPV毒力强弱等有关，如被感染机体细胞免疫功能低下、免疫平衡失调、且所感染的HPV毒力强则其潜伏感染时间长，反之则短。
HPV潜伏感染的重要性及其在HPV传播流行中的作用还有待进一步研究阐明，但有一点是肯定的，那就是引起皮肤粘膜的各种病变，在肛门外生殖器发生尖锐湿疣亚临床表现、发生尖锐湿疣，而且尖锐湿疣复发与HPV潜伏感染有密切的关系。因此，HPV潜伏感染是尖锐湿疣最早期的阶段，是发生尖锐湿疣及其有关病变的基础。