药物医治尖锐湿疣带来的苦痛要较小。物理医治在临床上用得最多的为激光医治，激光医治术前要注射麻醉药，医治时用高能激光柱烧焦疣体，使其碳化，数天后焦化疣体剥离。因外阴部神经器官浩博，患者一般要勉强承受比较猛烈的痛疼;相对于激光医治，药物医治所带来的苦痛要小得多，大部分为微小的不舒服感，有点患者会在上药时觉得痛疼和瘙痒的感受，一般比较微小。
药物医治尖锐湿疣还原时间短。物理医治从医治着手——创伤表面绝对长好——创伤表面处皮肤还原正常，整个儿过程约需求20天左右，而药物医治整个儿过程只消几天时间。药物医治对皮肤的毁损要小一点，疣体脱滞后创伤表面还原时间短，普通只须1-3天。尖锐湿疣的医治后创伤表面还原时间越长，解释明白所受毁损越严重。
药物医治后发生感染、留伤痕的有可能性要比物理医治小。而发生感染则容易引动下一次尖锐湿疣再次发作，这也是物理医治容易再次发作的一个原因。
药物医治尖锐湿疣往后，还可以医治疣体四周围的病毒感染即尖锐湿疣亚临床感染，管用制约尖锐湿疣再次发作。激光医治办法固然理论上可以用浅表凝结法医治亚临床感染，但在实际临床中却很难开展这项办公，由于有可能会因操作不合适给患者导致广泛腐烂，故大多数医院不愿冒此风险。