三叉神经痛的治疗中常见的并发症是颅内感染和下颌支的运动神经损伤，三叉神经痛的治疗中也要注意防范这两方面。根据长期临床经验，专家指出三叉神经痛的治疗中防范这两种并发症是都需要进行必要措施的。
颅内感染是三叉神经痛的治疗过程中的常见并发症，在行开颅手术或射频治疗等过程中引起颅内的严重感染。三叉神经痛患者主要表现为起病急性，少数三叉神经痛的症状为隐袭发作，根据病史，临床表现不同。
下颌支的运动神经损伤是三叉神经痛的治疗过程中的并发症，三叉神经痛的出现可引起同侧嚼、咬肌、颞肌、翼内肌、翼外肌的瘫痪，影响咀嚼运动，进食食物不自觉从三叉神经痛的患侧口角旁掉下来及流涎等现象，严重的三叉神经痛患者可造成神经性肌肉萎缩，影响容貌。